Eine auftretende Schädigung des Knochenmarks (Myelosuppression) kann schwerwiegend und zunehmend sein. Die Mehrheit der betroffenen Patienten hatte vorher, gleichzeitig oder nachfolgend eine Behandlung mit anderen alkylierenden Zytostatika oder eine Bestrahlung erhalten. Eine länger dauernde Verminderung an für die körpereigene Abwehr wichtigen Blutzellen (T-Lymphozyten) durch Fludarabin kann zu einem erhöhten Risiko von Infektionen führen. Das gilt auch für im Körper ruhende Infektionen mit Viren (Herpes, Pfeiffer´sches Drüsenfieber). Bei dem Wiederaufflammen eines Pfeiffer´schen Drüsenfiebers kann es auch zu krebsigen Entwicklungen in den Lymphknoten kommen.